医学院基础医学系成立于2005年，是我院基础医学教育和研究的重要基地，承担临床医学、药学、护理学、医学检验技术专业本科层次的专业基础课教学和科研工作。

基础医学系现有人体解剖学、组织学与胚胎学教研室、生理学教研室、生物化学与分子生物学教研室、病原生物学与免疫学教研室、病理学与病理生理学教研室、药理学教研室、临床微生物学与免疫学检验教研室、临床检验学与血液检验学教研室等8个教研室和基础医学实验教学中心。

基础医学系现有医学检验技术专业在校学生630多人，拥有一支实力较强、专业素质较高、结构合理的双师型师资队伍。

近年来，基础医学系教师先后主持或作为主要成员承担了省、市及校级科研项目共15项，这些项目既有医学科学前沿的基础研究，又有与省、市医学发展密切相关的应用基础和应用研究，研究结果推动了基础医学学科的发展，也为省、市医学发展作出了贡献。在国内各期刊上公开发表论文60多篇，主编、副主编及参编教材13部。

基础医学实验教学中心拥有40间教学实验室，面积5000多m2，教仪设备1800多万元。包括人体结构学实验平台、机能学实验平台、病原微生物学与免疫学实验平台、生化与分子生物学实验平台、形态学数码互动平台、医学虚拟仿真实验平台、细胞培养室等，每年承担我院各专业学生的实验教学5000多学时，承担国家级、省级、校级大学生创新创业10余项。为人才培养提供了坚实的基础。